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Quand Mishiro était petit, la moitié de son âme a été dévorée par une divinité dentée. Depuis lors, il doit faire face à des esprits appelés kotowari qui résident dans l'obscurité de l'âme des personnes ayant un lien de parenté avec lui, aussi éloigné soit-il. Les kotowari sont des fragments d'âme créés par la souffrance d'une personne et normalement, seul cet individu peut les voir, les entendre et les toucher. Même si le kotowari est détruit, il continuera de réapparaître tant que la cause de la souffrance n'est pas résolue. Peu après avoir été transféré dans une école d'une ville touristique chargée d'histoire, Mishiro rencontre un kotowari et décide de chercher son propriétaire. Cependant, il n'y a pas qu'un seul kotowari car beaucoup d'autres filles nourrissent leur propre souffrance.